| 平成11年4月 | 日本学術振興会特別研究員(PD) 受入機関：東京大学 |
| 平成12年4月 | 日本学術振興会特別研究員(PD) 受入機関：京都大学 |
| 平成13年4月 | 日本学術振興会特別研究員(PD) 受入機関：横浜市立大学 |
| 平成13年9月 | 理化学研究所 ゲノム科学総合研究センター 研究員 |
| 平成14年11月 | 東京大学大学院農学生命科学研究科 助手 |
| 平成16年12月 | 東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス人材養成ユニット 特任准教授 |
| 平成20年10月 | 理化学研究所 次世代計算科学研究開発プログラム 分子スケール研究開発チーム 上級研究員 |
| 平成21年11月 | 東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット 特任准教授 |
| 平成21年11月 | 理化学研究所 客員研究員（～平成25年3月） |
| 平成25年4月 | 海洋研究開発機構 招聘研究員（～平成27年3月） |
| 平成26年4月 | 東京大学大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻 准教授 |
| 平成28年4月 | 東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット 特任准教授 |
| 平成30年4月 | 東京大学大学院情報学環 准教授 |
| 令和2年4月 | 東京大学大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻 准教授 |
| 令和6年4月 | 東京大学大学院農学生命科学研究科 応用生命工学専攻 教授 現在に至る |