CASP4におけるBakerグループの構造予測結果をみる

Bakerグループの構造予測結果の取得

  1. CASP4のページを開く。
  2. 「Numerical evaluation」の「Results presented at the CASP4 Asilomar meeting」をクリックする。
  3. 「3D coordinate predictions」ボタンをクリックする。
  4. 「Target」のリストボックスのT0102」をクリックして選択する。
  5. 「Group」の「354」をクリックして選択する。
  6. 「Start」ボタンを押す。
  7. 「Look at the results」ボタンを押す。
  8. 「T0102TS354_1」をクリックすると、予測構造がPDBファイル形式で得られる。これらを拡張子pdbで保存する。

正解構造の取得

正解の構造はCASP4のページの「Target list」から取得できるが、その後、データに少し手を入れる必要があるため、今回は以下からファイルを取得する。(以下のリンクをクリックしてファイルを保存)
　
  • 正解の構造のPDBファイル 　
  • 正解の構造と予測構造を重ね合わせたPDBファイル
    • 　CASP4のページの「Target list」をクリックし、そのページにあるテーブルのTar-id列の「T0102」をクリックすると、このタンパク質に関する情報が得られます。「8. Homologous Sequence of known structure」の欄からこのタンパク質は既知のタンパク質のHomologousでないことがわかります。

    予測構造と正解構造との比較

    正解の構造と予測構造をRasmolを用いて比較してみてください。比較する際にはRasmolのDisplayはRibbonsにColourはChainに設定すると見やすくなります。

    Last modified: 2001/06/21