ソフトウェア

研究室で開発したソフトウェアやWebサービスを紹介します。

FUJISAN

アミノ酸配列と立体構造の類似性から同一の基質に同一の反応を触媒するかどうかを判別するプログラムです。

入手先: https://github.com/sfujita0601/FUJISAN

pdb2oniom

AMBERのトポロジーファイルとリスタートファイルから、ONIOM法のGaussian用インプットファイルを生成するプログラムです。

PyHoleFinder

低温電子顕微鏡のグリッドのメッシュの画像から、膜穴を検出・選別するソフトウェアです。このプログラムは電子顕微鏡制御ソフトウェアSerialEMのプラグインとして動作させることが可能です。ここでは、近接した膜穴を、ステージを移動することなく一度に撮影できるよう、グループ化する機能を実装し、撮影のさらなる効率化に寄与します。

入手先: https://github.com/tterada-utokyo/PyHoleFinder

Biosynthetic Gene Cluster Database with Functional Annotations

生合成遺伝子クラスタに含まれるタンパク質の機能について、配列類似性に基づいて予測した結果を登録したデータベースです。ここではMIBiG（Minimum Information about Biosynthetic Gene）に登録された遺伝子産物のタンパク質配列について、PDBとSwissProtの配列データベースに対してBLAST検索を行い、結果を、UniProtの機能情報とRheaの酵素反応情報とともに、データベースに登録しました。利用者は、MIBiG accessionやprotein ID、基質・生成物の名前や部分構造を用いて、データベースを検索することができます。これにより、興味のあるタンパク質について、これに結合するリガンドや、触媒する反応を予測したり、興味のある化合物に対する反応を触媒する可能性のあるタンパク質を検索することができます。

サーバーURL: http://sr.iu.a.u-tokyo.ac.jp/