バイオインフォマティクス 講義 資料 (清水謙多郎)

平成20年度より、生命化学・工学専修の講義として「バイオインフォマティクス」(生物情報科学)が開設されます。
「バイオインフォマティクス」の講義資料はこちらに掲載する予定です。
また、自習のための実習の資料も公開しています。バイオインフォマティクスの実習資料はこちらを参照して下さい。
その他の講義資料はトップページに掲載しています。

講義内容

生物という複雑な対象を研究するには、データを蓄積し、それを解析することで、体系や規則を抽出し、新しい知識を得るというアプローチが重要である。とくに、データが大量かつ多様に発生している現代の生命科学において、情報科学は非常に大きな役割を担っている。本講義では、生命科学と情報科学の融合により登場したバイオインフォマティクスの基礎を講義する。まず、データベースの基礎、配列データベース、構造データベース、機能データベースの利用法、ホモロジー検索、進化系統樹解析、モチーフ解析などの基本的な手法について解説する。また、タンパク質の構造比較と分類、タンパク質の構造予測、相互作用予測、分子力学、分子シミュレーションについて講義する。さらに、DNAマイクロアレイのデータ解析、システム生物学の基礎についても論じる。バイオインフォマティクス、計算生物物理、計算化学、システム生物学についてその基礎を幅広く講義するとともに、最新の研究についても積極的に紹介する。

  1. バイオインフォマティクス概論
  2. 進化モデルと配列アラインメント
  3. ホモロジー検索
  4. プロファイル・モチーフ解析
  5. 分子系統樹構築
  6. ゲノム情報解析の基礎
  7. タンパク質の構造表現と構造比較・分類
  8. タンパク質の構造予測
  9. 分子のポテンシャルエネルギーと分子力学法
  10. 分子動力学法とモンテカルロ法
  11. 分子軌道法
  12. トランスクリプトーム解析
  13. プロテオーム解析
  14. ネットワーク情報解析とシステム生物学

以下の資料は、適当に参照して下さい。

生物学研究者のための情報科学入門(pdf形式)
東京大学アグリバイオインフォマティクス人材養成プログラムの「バイオインフォマティクスリテラシーII」の講義資料。